Emil Cedercreutzin museon omistaa Emil Cedercreutzin säätiö. Museon hallinnasta vastaa Harjavallan kaupungin kulttuurilautakunta säätiön ja kaupungin kesken laaditun hallintasopimuksen perusteella.

Säätiön edustajalla on oikeus olla läsnä kulttuurilautakunnan kokouksissa. Kaupunki ja säätiö ovat asettaneet neuvottelukunnan, jonka tehtävänä on museon hoidon yhteisten tavoitteiden ja keinojen etsiminen.

Museotoiminnan tavoitteena on ylläpitää ja vahvistaa väestön ymmärrystä kulttuuristaan, historiastaan ja ympäristöstään. Museotoimen -tulosalueen yleisenä tehtävänä on Harjavallan ja Huittisen kaupungingissa harjoitettavan museotoiminnan toimeenpano, tukeminen ja edistäminen. Museotoimi jakautuu kahteen tulosyksikköön, jotka ovat Emil Cedercreutzin museo ja Huittisen museo -tulosyksiköt.

Tukiyhteisönä toimii kotiseutuyhdistys Harjulan Kilta ry.

Yhteistyökumppanina toimii Satakunnan Historiallinen Seura ry, jonka kotipaikka on Emil Cedercreutzin museo.